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  • DD81
    Gast
    0
    2 November 2005
    #1

    Komplizierte Biologie-Frage

    Hi,

    ich habe hier folgende vier Aminosäure-Sequenzen:
    Code:
    A Q P W R
    Q Q P W -
    P - P W Q
    P Q P W Q
    
    Für diese multiple Ausrichtung soll jetzt mit Hilfe der BloSum-62-Matrix die Punktzahl gefunden werden.

    Irgendwer eine Ahnung, wie man das macht? Ich habe hier nur komische Formeln, die vorne und hinten nicht funktionieren, teilweise sogar mathematisch falsch sind (Biologen...).

    Über eine Antwort/einen Hinweis würde ich mich sehr freuen!
     
  • Määä
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    2 November 2005
    #2
    Ach du schande... [​IMG] [​IMG]
     
  • DD81
    Gast
    0
    2 November 2005
    #3
    Meine Worte...
     
  • User 39498
    User 39498 (30)
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    2 November 2005
    #4
    Also, die Punktzahl kann ich da ehrlichgesagt jetzt auch nicht so ohne weiteres berechnen. Aber vielleicht hilft dir der Anfang - erst mal Matches aufzählen, Deletions und Insertions.

    A Q P W R
    Q Q P W -
    P - P W Q
    P Q P W Q

    Matches:

    A Q P W R
    Q Q P W -

    P - P W Q
    P Q P W Q

    P Q P W
    A Q P W R

    ...und so weiter!

    Deletions:

    A Q P W R
    Q Q P W 0
    P 0 P W Q
    P Q P W Q

    Insertions:

    A Q P W R
    Q Q P W -
    P - P W Q
    P Q P W Q

    Am Rest arbeite ich noch... bis wann musst du es denn haben? Hast du schon in der Linder Biologie nachgeguckt oder im Campbell?
    In der Schule biste ja sicher nicht mehr mit 24... studierst du Bio, Chemie oder so?!
     
  • DD81
    Gast
    0
    2 November 2005
    #5
    Hey,

    erstmal danke für die Antwort. Mal schauen, was ich draus mache.

    Linder und/oder Campbell hab ich nicht, studiere weder Bio noch Chemie noch Medizin. Informatik... ;-) Vorlesung ist aber - oh wunder - Bioinformatik.

    Das mit den einzelnen, paarweisen Betrachtungen hab ich auch schon gehabt/-macht, aber leider verstehe ich das mit der Gesamtbetrachtung nicht so ganz.

    Hier mal die Formel, die ich habe (in Latex-Code):
    Code:
    SP(m_i) = \sum_{i\leq j < k \leq N} (c(m^j_i, m^k_i))
    
    1.) macht die Summe für mich keinen Sinn. Über was soll ich denn da summieren? Mag sein, dass die Schreibweise streng genommen gültig ist, schön ist sie deswegen noch lange nicht...
    2.) c(x,y) ist die entsprechende Zelle aus der BloSum/PAM-Matrix.

    Ach ja, und wenn das bis morgen ginge, wäre das super!

    Danke und Gruß.
     
  • User 39498
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    2 November 2005
    #6
  • Altkanzler
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    #7

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